肩胛骨部位疼痛主要是由于外伤、姿势不良、颈椎病、肩周炎等疾病造成。所以，对于肩胛骨疼痛的药物治疗方面，可以对症用一些药物治疗。例如，可以应用非甾体类抗炎镇痛药，缓解疼痛。这一类的药物对于缓解轻中度的疼痛，能起到一定的作用。如果是外伤引起的疼痛，也可以用一些活血化瘀的中药促进恢复。如果是颈椎病引起的疼痛，还可以配合应用营养软骨的药物，营养神经的药物等药物改善症状。具体用何种药物治疗，应该在医师的指导下，根据病情对症应用。在应用药物治疗的同时，还需要注意养成良好的姿势，也可以配合热敷、理疗、按摩等方法促进恢复。