瘘管手术治疗的原则是瘘管切开或切除，形成敞开的创面，促进愈合。手术的关键是明确瘘管的形成和内口的位置，并且尽量减少瘘管周围括约肌的损伤，同时避免瘘的复发。手术切开是要将瘘管全程切开，显现瘘管腔，靠肉芽组织的生长，使创口二期愈合。

还有，二、挂线疗法，主要是利用橡皮筋或药物线的机械压迫性作用，缓慢地切开瘘管的方法。