巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种。打针治疗的目的，它是抑制卵巢功能，阻止内异症的发展。适用于有慢性盆腔痛，经期痛经症状明显，有生育要求还有卵巢囊肿没有形成的患者。对较大的卵巢内膜异位囊肿，特别是卵巢包块性质不明的患者，还是建议采取手术治疗。手术治疗的目的是切除病灶，恢复解剖，它主要适用于药物治疗后症状不缓解，局部病变加重，有生育功能，药物治疗尚未恢复者。手术的方法主要有腹腔镜手术，还有开腹手术，目前常用的是微创的腹腔镜手术，术后恢复快是他主要的优点。