三叉神经疼痛挂号的科室，要看当地医院是什么样的分布形式，最常规的情况下是挂号功能神经外科，但是每个医院分科程度不同，有的时候采取治疗方式不同，也是需要不同的科室，比如说最开始的情况下可以挂神经外科，进行口服药物调节，一般都是口服卡马西平。

但是在后期如果未见明显好转，那么可以挂号疼痛科或者是麻醉科进行相应的神经封闭治疗。因为某些医院的分科细致程度相对较高，也可能会是相应的其他科室，如果最终仍然没有效果，还是要挂神经外科进行相应的手术治疗，这样才能从根本上去除这种疾病的情况。