女性患有巧克力囊肿的时候，在治疗上他的方法要根据女性的年龄大小，对生育的具体要求，囊肿体积大小，临床症状等等来决定如何治疗。比如说，有的女性她年龄已经很大了，接近绝经期，痛经现象并不严重，也没有生育的要求，囊肿的体积也比较小一些。这些女性可以采取观察或者是药物保守治疗，比如说应用GnRHa类的药物，她有卵巢去势的作用。对于女性年龄偏小，卵巢巧克力囊肿的直径已经超过了3cm，并且还有生育的要求，可以做腹腔镜下巧克力囊肿的剔除手术。在手术当中，也可以顺便清除掉盆腔内的其他部位的内膜异位病灶，松解粘连，恢复女性的正常生育功能。