对于患有巧克力囊肿的女性能不能怀孕，要看具体的情况。在怀孕前，如果出现了巧克力的囊肿，是要看囊肿的大小，部位，病情的严重程度，甚至有没有造成盆腔的粘连，输卵管的受损。这种情况，就需要及时地进行治疗，否则是很难怀孕的。另外，在卵巢巧克力囊肿的时候，就往往会随着月经周期的剥脱，不能够定期的排出，在卵巢上就会形成陈旧性的血肿，这样的对怀孕也是有影响的。所以，这种情况就需要积极地进行治疗。那么，在发生囊肿的时候，也有一些是生理性的囊肿，可以随着月经周期的改变，囊肿会慢慢的消失。所以，对于一些移位程度比较轻，病程比较短的巧克力囊肿，经过积极治疗是可以怀孕的。