结肠镜检查是从肛门部，经过乙状结肠、降结肠、结肠脾曲、横结肠、结肠肝曲，最后到达回盲部，相当于沿着脐周绕行一圈，或多或少都会有痛苦，一般以胀痛为主，有时伴有呕吐，也有个体差异。

一般来说，矮胖型患者由于腹腔内脂肪堆积，往往对肠道起到支撑作用，这种情况下，结肠镜检查相对来说比较容易，痛苦也比较小，一般五到十分钟就可以完成。相对于瘦弱型，腹腔有过手术以及有妇科炎症的，往往会引起肠黏连或者肠道结构紊乱，这种情况下，肠镜检查往往会引起过度牵拉，从而导致剧烈的腹胀、腹痛、呕吐现象，耗时也相对比较长。