女性患有卵巢巧克力囊肿，是可以影响正常排卵的。卵巢正常的排卵有赖于卵巢周期性的，分泌激素在排卵之前，雌激素它会有一个高峰，促进卵子的排出。而异位的子宫内膜，他也属于个分泌的器官，它分泌的一些激素就可以影响卵巢内雌孕激素的分泌水平，导致卵泡不能很好的发育，没有优势卵泡出现。还会引起卵子提前发生萎缩，或者是在排卵之前因为雌激素达不到一个高峰，从而影响到卵子的正常排出。