卵巢的巧克力囊肿，也就是卵巢的子宫内膜异位囊肿，它的发病原因是比较复杂的，有可能是有一部分女性，来月经的时候经血排出不畅，经过输卵管逆流到了盆腔内，种植在卵巢的表面，每个月发生充血、水肿、脱落、出血，形成了巧克力囊肿。

此外，也有可能是通过血液淋巴系统播散到了卵巢的表面形成，还有一些女性有可能是在做了某些手术之后，子宫内膜种植在了卵巢上，比如说剖宫产以后，此外有的女性的卵巢巧克力囊肿，可能和遗传、免疫异常有一定的关系。