新生儿坏死性小肠结肠炎治疗应绝对的禁食，禁食期间要行胃肠减压，要给与积极的抗感染，要选用强有力的抗生素，治疗一般需七到十天，重症十四天或更长。加强支持治疗，维持呼吸功能，必要时机械通气，维持水电解质平衡，每日供给液体量及营养物质。内科治疗无效的情况下，需要进行外科治疗，如气腹和腹膜炎是外科治疗的指针。