孤独症的治疗以教育训练为主，精神药物治疗为辅。 教育训练的目的在于改善核心症状及促进社会交往的能力，言语和非言语交流的能力，减少刻板重复行为，同时促进智力的发展，培养生活自理和独立生活能力，减少不适应的行为，减轻残疾程度，改善生活质量，缓解家庭和社会压力，力争使部分患儿在成年后具有独立学习，工作和生活的能力。 在治疗中应该根据患儿的具体情况， 将行为矫正教育训练，结构化教学等相应的课程训练，与药物治疗等手段结合起来，形成综合干预治疗。常用方法有应用行为分析法，进行孤独症相关障碍儿童治疗课程的训练，人际关系发展干预疗法，感觉统合治疗。 在药物方面没有特异性药物，主要是对于有攻击行为或者注意力缺陷等行为的患儿可以考虑使用相关的药物。