巧克力囊肿灌肠是没有任何作用的，是一点点作用都不会有的。巧克力囊肿主要和先天因素有关，之后就主要是和体内的雌激素水平有关，是和卵巢功能相关的。这个用其他的治疗方法都是无效的，只要卵巢功能存在，雌激素在持续分泌，巧克力囊肿就不会因为其他的治疗而消失。如果是巧克力囊肿发展到一定的水平，有的只能接受手术治疗才可以的。