肩胛骨部位疼痛主要是由于外伤、姿势不良、颈椎病、肩周炎等疾病造成，所以对于肩胛骨疼痛的药物治疗方面，主要是针对引起肩胛骨疼痛的原因，对症用一些药物治疗。

首先可以应用非甾体类抗炎镇痛药物缓解疼痛，这一类的药物对于缓解轻中度的疼痛能起到一定的作用，例如，如果是由于外伤引起的疼痛，也可以应用活血化瘀的中药促进恢复。如果是由于颈椎病引起的疼痛，还可以配合营养神经的药物、软骨营养药物等改善症状，具体应用何种药物应该在医师的指导下，根据病情对症应用。