婴幼儿腹泻的原因大概分为内因和外因。内因方面来说，主要是婴幼儿肠道黏膜功能尚不完善、微生态系统建立也不健全，这些因素导致了婴幼儿相比大一点的孩子和成人更容易出现腹泻。

外因这一类主要包括以下几个方面：大部分是非感染性腹泻，包括食物过敏、乳糖不耐受、喂养不当、受凉、感冒等都可以；部分还可能因为服用药物所致，特别是抗生素相关性腹泻；少部分为感染性腹泻，感染性腹泻中绝大部分是肠道病毒感染，如轮状病毒、诺如病毒、柯萨奇病毒等感染，少部分为细菌、真菌、寄生虫等感染。