具有活性的子宫内膜组织，异位到子宫内膜以外的部位，称作子宫内膜异位症，卵巢最为常见，由于异位的内膜组织侵犯卵巢，在月经周期中反复出现周期性出血，形成囊肿，囊内为暗褐色的陈旧性血液，类似巧克力一样，所以称作巧克力囊肿。

巧克力囊肿的形成病因不明确，大多数是认为由于经血逆流而形成的，所以巧克力囊肿和饮食没有任何关系，巧克力囊肿的患者可以吃红枣的。