巧克力囊肿是具有活性的子宫内膜组织异位到子宫内膜以外的其他部位形成的，由于异位的子宫内膜随着月经周期发生反复周期性的出血，形成多个或者单个囊肿型的病变，囊内是陈旧性出血，为巧克力一样的颜色，所以俗称为巧克力囊肿。

巧克力囊肿如果不治疗，囊肿壁容易发生反复破裂，破裂后囊内的液体刺激局部组织发生纤维化，导致局部组织出现粘连，器官脏器固定，引起疼痛，尤其是卵巢巧克力囊肿破裂时容易累及输卵管，造成不孕症。