巧克力囊肿是具有活性的子宫内膜组织异位到子宫内膜以外的其他部位，由于异位的子宫内膜随着月经周期出现反复周期性的出血，形成单个或者多个囊肿，囊肿内都是陈旧性的血液，类似巧克力状，所以俗称为巧克力囊肿。巧克力囊肿在未进行有效治疗时，囊肿壁会发生反复破裂，刺激囊肿周围的组织，发生类似炎性反应和组织纤维化，导致组织周围出现粘连、刺激，引起疼痛。所以巧克力囊肿会引起疼痛的。