女性卵巢巧克力囊肿发生破裂时，首先会出现一侧下腹部的疼痛症状。如果破口比较小，疼痛症状比较轻微，但是从巧囊当中流出的粘稠分泌物可以导致周围组织发生粘连，引起女性出现慢性的盆腔疼痛。

如果破口比较大，囊内粘稠物流出比较多，引起女性出现腹膜刺激征，导致出现腹部的压痛、反跳痛以及肌紧张。此外，囊内的异位子宫内膜还可以种植在盆腔的脏器当中，比如种植在膀胱上，引起膀胱子宫内膜异位症，引起相关的一些症状。