女性的巧克力囊肿和多囊卵巢综合征不一样，它是两种疾病。巧克力囊肿是子宫内膜异位到了卵巢上面，它内膜是有活性的，对于卵巢分泌的激素同样有反应，每个月都会出现充血、水肿、脱落、出血等现象，所以巧克力囊肿会随着时间的推移不断的长大，而多囊卵巢综合征，常常是一种内分泌疾病，是因为女性有可能存在遗传，或者是周围环境的一些因素所导致的，它的临床表现主要是以体内的雄激素水平升高，排卵障碍为主的，一部分女性有可能存在代谢的异常，比如说出现了血糖水平的升高。