巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位症，是常见的引起女性不孕不育的因素，巧克力囊肿之所以会影响怀孕，原因包括如下几方面，

第一发生巧克力囊肿时会影响卵巢的功能，造成排卵障碍。

第二发生巧克力囊肿时，往往会伴有盆腔内粘连，影响输卵管的功能，造成输卵管无法驶卵，这样也会影响受孕。

因此对于巧克力囊肿，一旦确诊，如果病情比较严重，应该使用手术治疗切除囊肿，然后再尝试怀孕。如果病情比较轻，应该尽快怀孕，争取在病情进展之前分娩胎儿。