怀疑女性患有子宫内膜异位症时，首先要做常规的妇科检查，了解阴道后穹窿的部位，有无子宫内膜异位病灶痛性的结节存在，此外，还要做三合诊，了解子宫附件的区域，有无异常的包块，以及活动度是否良好，还要做盆腔的超声检查，或者是盆腔的核磁CT检查，了解盆腔内有无异常包块，比如B超检查在附件区发现有囊性肿物，并且囊壁较厚，囊内容物回声不均匀，有较重回声，则为巧克力囊肿的可能性比大，此外也可抽血化验CA125，了解有无升高的现象，对于子宫内膜异位症诊断的金标准是腹腔镜的检查，但检查费用偏高，并不一定是每一个女性都可以做到的。