婴幼儿腹泻的病因大概可以分为内因和外因两大类。

就内因来说，主要是基于以下几个方面：首先，婴幼儿的消化系统在不断的生长发育成熟过程中；其次，婴幼儿的肠道微生态系统建立还不健全；第三个方面来说，婴幼儿肠道的免疫功能也较为低下，所以婴儿相比成年人和大孩子来说更容易出现腹泻。

第二个方面的原因就是外因，大部分是非感染性的因素，比如饮食不当、受凉或者是食物过敏、食物不耐受，甚至是抗生素服用后引起的症状性腹泻；就感染因素来说，绝大部分是肠道病毒感染，如轮状病毒、诺如病毒、卡萨奇病毒等感染，少部分为细菌感染，或者真菌，或者寄生虫感染，还有一小部分继发于其他感染性的疾病，如肺炎、脓毒血症、颅内感染后可以出现腹泻的情况。