巧克力囊肿术后是容易复发的，尤其在年轻患者患有卵巢巧克力囊肿时，其复发的几率较大，在巧克力囊肿切除术后，随着月经的来潮，均会导致巧克力囊肿的复发，因此，目前在临床上，进行巧克力囊肿手术后，可给予药物治疗，来导致患者短时间内无月经来潮，尽可能减少巧克力囊肿复发的几率。