慢性肾盂肾炎到后期可以出现不同程度的小管间质功能受损的表现，就会出现尿的浓缩、稀释功能障碍，导致夜尿增多、低比重尿、尿渗透压降低。

肾小管的重吸收功能异常可以导致电解质的紊乱，比如低钠血症、低钾或高钾血症、肾小管酸中毒等。小管间质的损伤还可以导致促红素的生成障碍，使患者出现与肾衰程度不成比例的贫血，病情进一步的发展可以使患者最终进入终末期肾脏病。