肺脓肿的患者，如果经过内科治疗能够好转，是不需要进行手术的。但是如果内科治疗无效，或者怀疑有肿瘤的患者，是外科手术的适应症。包括治疗四到六周后脓肿不关闭、大出血、合并气胸、支气管胸膜瘘等，都是手术的适应症。在免疫功能低下，脓肿进行性扩大时，也需要考虑进行手术处理。

在有效抗生素应用后，目前需要外科处理的病例已渐减少，小于10%-15%。手术时要防止脓液进入对侧，麻醉时要植入双腔导管，否则可能引起对侧的肺脓肿。