巧克力囊肿是可以选择微创手术的，一般来说，做巧克力囊肿手术是一个比较小的手术，也基本都是良性病变，有恶性病变的几率很小，做巧克力囊肿微创手术的术中是可以做冰冻切片的，这样的病理检查基本可以明确肿瘤的性质，一般良性的，做单纯的微创手术就足够了，如果是病理检查有特殊情况，也有的需要做进一步的手术扩大，有的会改变手术的路径。