对于巧克力囊肿，它的治疗目的是抑制卵巢功能，阻止内膜异位症的发展。 卵巢巧克力囊肿药物治疗是用于有慢性盆腔痛，经期痛经症状明显，有生育要求，即没有形成卵巢囊肿。 对于较大的卵巢内膜异位囊肿，特别是卵巢包块性质未明确者，还是建议采取手术治疗。 手术治疗的目的是切除病灶，恢复解剖，适用于药物治疗后症状不缓解，局部病变加重，或者是生育功能通过药物治疗没有恢复的，较大的巧克力囊肿，患者不适用药物治疗，而适用于手术治疗。