目前认为干燥综合征的病因尚不明确，认为它是一种累及多种外分泌腺的慢性炎症性自身免疫性疾病。主要分为两大类，原发性和继发性。我国原发性干燥综合征患者多是HLA-DR3基因遗传素质。而继发性干燥综合征多伴发于其他的一些结缔组织病，比如类风湿关节炎、系统性红斑狼疮等，认为是与HLA-DR4密切相关，发病可能与多种自身抗原，比如抗SSA抗原、抗SSB抗原和一些外来的抗原，如EB病毒、丙肝病毒、反转录病毒以及一些性激素等有关。总的来说，干燥综合征是如何引起的，目前尚不完全明确。