大多数在怀孕时宝宝脑积水都是由于畸形所引起的，其中包括有脑导水管畸形、小脑扁桃体下疝畸形以及其他的先天性疾病。另外宝宝脑积水与感染也有一定的关系，主要是指在孕妇怀孕时期感染了一些病毒所导致的，这些病毒主要有巨细胞病毒、弓形体、风疹病毒以及疱疹病毒。其次还有各种原因引起的蛛网膜下腔出血，也会导致胎儿脑积水的出现。