如果目前已经确定有巧克力囊肿的存在，多数情况下巧克力囊肿都是发生在两侧卵巢部位的，正常情况下如果需要进行巧克力囊肿的手术治疗，一般只需要对巧克力囊肿的局部进行切除剥离，可以保留子宫和两侧的卵巢，但是如果巧克力囊肿范围较大，有可能切除一侧的卵巢，但是正常情况下是不会切除子宫，也不会对子宫有任何的影响。