在患有卵巢囊肿的时候，进行手术治疗后会不会影响她怀孕，是要根据具体的手术来看的，一般的卵巢囊肿是良性的，只是切除了多余的组织，并不会将整个卵巢摘除，所以也不会影响到正常的激素分泌和完成的排卵过程。在患有恶性卵巢囊肿的时候，那么患者就要进行卵巢的切除，这种情况就会影响到怀孕了，所以患者在卵巢囊肿手术后，要看具体的情况，在手术后要注意养成良好的生活习惯，饮食清淡，避免吃辛辣刺激性的食物，定期的到医院复查。