巧克力囊肿是会影响怀孕的，大约有50%的患者会导致不孕，发生的原因主要与盆腔的解剖结构异常有很大的关系，由于巧克力囊肿大多发生在卵巢上面，这个时候卵巢和输卵管的周围就会发生广泛的粘连，从而导致输卵管的梗阻或者是扭曲，输卵管的蠕动就会异常，这样就会影响到它对精子和卵子以及受精卵的运输功能，另外由于卵巢功能的异常，也会导致不孕的。