巧克力囊肿，又称卵巢子宫内膜异位囊肿，是子宫内膜异位症的一种表现。一般是指，子宫内膜组织种植在卵巢上，局部浸润、侵袭，引起囊肿。因为囊肿以内的液体为巧克力样，所以称为巧克力囊肿。巧克力囊肿是有可能引起不孕的，原因包括以下几方面：

第一、巧克力囊肿时，会影响卵巢的功能，造成卵巢排卵障碍，以及引起卵巢功能不全。分泌的雌激素和孕激素比较低，这些因素都有可能导致不育。

第二、巧克力囊肿时，会造成盆腔以内存在有粘连，影响输卵管的拾卵功能，这个因素也是有可能引起女性不孕不育的。