巧克力囊肿对怀孕有影响的。巧克力囊肿是女性常见的一个临床的表现，巧克力囊肿形成的原因，是因为异位的子宫内膜长到卵巢或子宫以外的地方，然后随着经期出血，形成一种包裹性的积液，积液里面是陈旧性的出血，随着身体发生的变化，变成像巧克力一样的颜色，所以称为巧克力囊肿。巧克力囊肿最严重的并发症，就是有痛经、不孕的问题。所以说巧克力囊肿对怀孕有影响，如果有巧克力囊肿的人，请尽早怀孕、备孕，不要再拖延时间。