脑干胶质瘤的病因和身体内其他肿瘤的病因大致相似，根本的病因在于基因突变造成的正常细胞突变成肿瘤细胞，生长不受控制，从而演变成肿瘤。造成基因突变的因素包括外在因素和内在因素，外在因素有各种细菌、病毒的感染，有毒化学品的摄入，各种射线、辐射等因素造成的基因突变。内在因素包括各种原因导致的机体抵抗力下降，包括熬夜、情绪波动等等原因。