生殖细胞瘤好发于青少年群体以及儿童，在颅内生殖细胞瘤多发生在脑的中线结构，大多数集中在松果体区以及鞍区，少部分可发生在丘脑、基底节区、侧脑室、三脑室、大脑半球或者是脑干。

生殖细胞瘤是一种恶性肿瘤，肿瘤细胞脱落进入到脑脊液，可在蛛网膜下腔以及脑室内播散种植，少部分的患者肿瘤细胞可随着脑室腹腔分流管，进入到腹腔内，在腹腔内发生种植。