脑干部位的胶质瘤很难达到完全治愈的目的，这个部位的胶质瘤，由于位置较为特殊，位于脑干的附近，手术难度较大，且脑干位于重要的功能区域，其中含有丰富的重要神经核团，手术过程中不可避免的会对重要的神经核团造成损伤，从而导致出现严重的颅神经功能障碍，甚至可能危及患者的生命。

因此这个部位的胶质瘤，难以通过手术的方式进行完整切除，临床上一般推荐选择做放疗或者是化疗，还可以考虑配合伽马刀来进行治疗，但无论是哪种方式，难以做到手术完整切除，因此预后也较差。