对于脑干梗塞的患者来说，如果只是属于腔隙性梗塞，且梗塞面积较小，没有造成明显的颅神经功能障碍，多数情况下，只要在急性期得到及时有效的治疗，给予患者静脉点滴健脑、活血化瘀、营养神经的药物，往往可以取得理想的治疗效果，患者在接受治疗之后效果较好，原有的头痛、头昏、恶心、呕吐等不适症状会逐渐地改善甚至消失，因此相对来说治疗效果较好。

而对于发生脑干大面积梗塞的患者，则往往会造成广泛性的脑干部位神经功能损伤，会导致患者处于严重的状态，甚至危及生命。