造成出现脑干梗死的原因较多，临床上一般多是考虑为身体其他部位形成的动脉粥样硬化、斑块，斑块脱落以后形成栓子，栓子经过血液的流动进入脑组织，在较小的脑内血管停留下来，从而阻塞了脑血管，导致脑组织缺血、缺氧，从而形成梗死灶。 脑干梗塞多数是由于供应脑干的血管被栓子堵塞，从而造成血液供应障碍，脑组织缺血缺氧，形成脑干梗塞的情况发生。