对于脊索瘤来说，往往生长于颅底，多数情况下，在脊索瘤体积较小的时候，只是有轻度的头痛头昏，症状较为轻微，患者往往可以耐受。当出现明显症状的时候，多数提示肿瘤体积较大，这个时候往往很难再通过手术的方式进行完整切除，多数情况下会导致患者出现明显的头痛，头昏，恶心呕吐，甚至出现明显的颅内压增高。如果侵犯到视神经，很可能会导致患者出现视力下降，视野缺损。另外，部分患者由于肿瘤位于运动功能区或其他位置，容易导致患者出现偏瘫，失语，诱发癫痫等症状和体征。