对于小婴儿而实施脑积水手术治疗之后，一般情况下不会造成明显的后遗症。但需要注意，如果将来小婴儿因为各种原因导致出现身体抵抗力低下，甚至发生颅内感染，往往由于脑积液当中蛋白含量增高，可能会造成脑室内引流管发生堵塞。一旦造成引流管堵塞，脑部引流管作用即将消失，会再次出现脑室当中脑积液循环通路受阻，脑积液产生过多、吸收过少，从而造成脑积水复发的情况存在。因此，最大的后遗症是容易出现颅内感染，或者是由于脑积液抽吸过多从而造成脑室过小。