对于发生脑干梗塞的患者来说，往往会造成一定程度的后遗症，多数情况下患者会出现明显的认知功能障碍，主要表现为出现记忆力减退、智能水平下降，以及计算能力、语言沟通能力、对时间人物空间的定向感都逐渐减退。

除此以外，患者可能会出现明显的吞咽功能障碍，表现为出现饮水呛咳，如果没有得到很好的处理，往往会导致反复出现的呛咳造成误吸，从而导致患者出现坠积性肺炎。另外部分患者甚至可能会导致出现一侧或者双侧肢体感觉异常、运动功能障碍。