对于出现脑干梗塞吞咽功能障碍的患者来说，首先在急性期要给予患者使用一些健脑、活血化瘀、营养神经、改善脑组织微循环的药物来进行治疗，通过药物治疗，可以有效地帮助患者改善症状。

当患者病情稳定的情况下，就可以进行康复功能锻炼，帮助患者逐步改善吞咽功能。另外还可以使用一些仪器来进行治疗，比如说使用吞咽功能障碍训练的治疗仪，也有助于帮助患者改善症状。在饮食上需要注意，尽量给予患者流质饮食，这样可以避免出现呛咳或者是误吸的情况。