艾滋病合并生殖器疱疹的治疗，需要在有经验的传染病专科医生和皮肤病专科医生的治疗下进行处理。针对艾滋病，需要进行系统规范的抗艾滋病病毒治疗，需要选择三种或者三种以上的，强效的抗艾滋病病毒的治疗药物联合抗病毒治疗。针对生殖器疱疹必要的时候，可以选择一些抗病毒的药物，结合实际情况来进行处理，通过积极的处理大部分病情都能控制良好。