骨髓增生异常综合症晚期常常是处于全血细胞减少的状态，白细胞异常减少，达到粒细胞缺乏的状态，此时会激发各种各样的感染，严重的时候会重症感染、高热，甚至影响呼吸困难，红细胞异常减低则为重症贫血，重症贫血患者乏力明显、活动耐量极低，需要积极输红细胞支持治疗，血小板异常减低，则有自发性出血的表现，皮肤粘膜出血、消化道出血、脏器出血，甚至是脑出血。