血小板减少症的病因分为两大类：第一大类就是血液系统疾病。这一类疾病包括有原发性血小板减少症、骨髓增生异常综合征、白血病、多发性骨髓瘤、淋巴瘤、再生障碍性贫血。

另外一大类血小板减少的病因则是继发性的因素导致的血小板减少，这一类继发性的因素常见的疾病有：幽门螺杆菌感染相关的血小板减少、风湿免疫病、感染相关、药物相关、高热等一些继发因素。