在结缔组织病的晚期，患者会出现重要的内脏器官的受累。如果累积到了肺脏，患者会出现肺的间质病变，会以活动后，胸闷气喘为主要的临床表现。如果结缔组织病累及到肾脏患者会全身水肿，尿中出现大量的蛋白尿为主要的临床表现，甚至有患者会出现多浆膜腔的积液，出现胸腔和心包积液。患者也会以活动后气喘，胸前肌疼痛为主要的临床表现。严重的患者还会出现脑痹，这些患者往往会以精神神志异常，癫痫等为主要的临床表现。