眼睛囊肿的治疗需要看囊肿的类型及生长部位，发生在眼睑的囊肿，多数情况下是麦粒肿，麦粒肿初期可以滴抗生素类滴眼液，促进炎症消退，后期如果囊肿已经形成，滴眼药水可能无法缓解，需要通过手术切开排脓来治疗，如果是发生在结膜部位的，多数属于结膜下囊肿，这个可能与外伤有关，结膜下囊肿多数因为患者明显的异物感，而考虑手术治疗，还有一种情况为虹膜囊肿，虹膜囊肿为眼内的一种囊肿，很小的时候无明显症状可暂时观察，达到一定程度，如果发生房角组织或者影响瞳孔也应手术切除。