巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内女性激素的影响，每月脱落1次，形成月经。

如果月经期脱落的子宫内膜碎片随经血逆流，输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面，或者是盆腔的其他部位，就会形成异位的囊肿，这种异位的子宫内膜也受性激素的影响，随着月经周期反复的脱落、出血。如病变发生在卵巢上，每次月经周期局部都会出血，使卵巢增大，从而就会形成含有陈旧性积血的囊肿，这种陈旧性血呈褐色，粘稠如糊状，就像巧克力一样，所以又称为巧克力囊肿。