怀孕50天有褐色分泌物是不正常的，考虑可能是由于先兆流产或宫外孕或宫颈病变或阴道炎等疾病导致的。如果怀孕后出现了褐色分泌物，应到医院妇科做详细的检查，在妇科做妇科内诊。阴道分泌物化验，抽血查HCG加孕酮，宫颈TCT以及妇科B超检查，以明确病因，并给予对症的处理。如果是先兆流产，需要卧床休息口服保胎药物进行治疗。如果是宫外孕，需要紧急住院，根据病情决定是否保守治疗或者手术治疗，因为宫外孕是妇科急症，一旦发生破裂，可能会危及生命。